某日，东京突现超大型怪兽，它横冲直撞，无所畏惧，肆意蹂躏者首都的街道和建筑物。在此危急存亡的时刻，日本自卫队迅速出动围堵，然而怪兽发射出超强电磁波，令自卫队的武器全部失灵。万般无奈之下，防卫省只得求助因涉嫌捏造事实而被学会驱逐的生物研究第一人——西乡博士（真夏龙 饰）。博士开发了一种神奇的药物，可以让人的身体瞬间巨大化。他的助手新田（齐藤秀翼 饰）在服用药物后，立刻变成了高达40米的超人（饭伏幸太 饰）。超人很快打败怪兽，成为全日本的英雄。
可是就在不久后，新的怪兽现身日本，它不仅能力更强，甚至还将超人击败。为了拯救日本，西乡博士使出最后的杀手锏……
