永久、刹那、诸叶，是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女年幼时期被卷入森林大火而分离的双胞胎少女，永久与刹那。永久通过了能穿越时代树时空的隧道，从战国时代来到了现代。她被阿篱所在的日暮家养育长大，成长为了一名精通武道的女初中生。与此同时，留在战国时代的妹妹刹那，在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。诸叶是阿篱与犬夜叉的女儿，身为赏金猎人的她拥有“妖怪杀手诸叶”的绰号，每天也同样在做着除妖的工作。自从永久与刹那两人分开之后已过去10年，穿越时代树时空的隧道再度开启。永久与出现在现代的刹那重逢，但不知为何，刹那已经忘记了永久。包括与刹那一同来到现代的诸叶在内，永久这些“半妖的夜叉”，开始在现代和战国时代掀起波澜！