小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台-合众地方，这里居住着许多他们所不知道的精灵宝可梦。当他们初次踏上这片土地时，突如其来的黑云笼罩天空，伴随着神秘的精灵宝可梦。随之而来且脱胎换骨的火箭队，以及活动目的不明的神秘团体，在寻找新的精灵宝可梦以及新的邂逅的道路上，更多的考验在等着他们。